Ankara Swiss Otel'de gerçekleştirilen kura çekimine, Türkiye Futbol Federasyonu (TFF) Yönetim Kurulu üyesi Kemal Ünsal, TFF Genel Sekreter Vekili Gıyasettin Şenman, TFF Planlama Müdürü Ufuk Şepik ile kulüplerin temsilcileri katıldı. 26 Eylül'de oynanacak 2. kademe kura çekiminde 2006-2007 sezonunda Süper Lig'de 5-15 arasında yer alan takımlar, TFF 1. Lig'den Süper Lig'e yükselen 3 takım ve ilk kademeden gelen 18 takımla birlikte toplam 32 takım yer aldı.
Çaykur Rizespor'un rakibi sezona flaş tranferlerle başlayan Lig A Takımlarından Eskişehirspor oldu. Eskişehirspor'da göze çarpan en önemli isim sezon başında transfer edilen Sergen Yalçın...
Diğer kuralar şöyle
Tepecik Belediyespor - Ankaragücü
Arsinspor - Denizlispor
Şanlıurfaspor - Konyaspor
Gençlerbirliği Oftaşspor - Uşakspor
Alanyaspor - Sivasspor
Kayserispor - Diyarbakırspor
Sarıyer - Kasımpaşa
Bursaspor - Boluspor
İstanbul Büyükşehir Belediyespor - Gaziantep Büyükşehir Belediye DİSKİSpor
Gaziantepspor - Kayseri Erciyesspor
Ankaraspor - Kartalspor
Vestel Manisaspor - Gaziantep Büyükşehir Belediyespor
Gençlerbirliği - Akçaabat Sebatspor
Adana Demirspor - Altay
MKE Kırıkkalespor - Sakaryaspor'.
